经历了常人难以想象的磨难和考验，艾伦·叶卡（三浦春马 饰）与阿明·阿诺德（本乡奏多 饰）以及其他有着不同背景的年轻人终于成为了合格的调查兵团成员。他们奉命进行首度墙外调查，结果却遭遇了可怕巨人的围猎，伤亡惨重。为了拯救好友，艾伦丧身巨人之口，谁知在巨人的腹中，他体内的神秘基因觉醒。
化身为巨人的艾伦狂怒暴走，以压倒性的实力击败了一波又一波的巨人。恶战过后，艾伦恢复原形，他的突变也引起政府的高度关注。昏迷之中，沉睡已久的回忆悄然揭示着艾伦体内所隐藏的秘密，以及家族所遭受的惨剧。当艾伦面临被处决的厄运之时，铠甲巨人突然闯入将其掳走。
在一个隔绝的房间内，艾伦与敷岛（长谷川博己 饰）面对面。关于巨人，关于调查团，关于这个世界所有的秘密昭然若揭……
